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本發(fā)明涉及一種定向選擇性分離腸道細菌的方法，屬于微生物分離技術領域。本發(fā)明中提供了一種定向選擇性分離腸道細菌的方法，在分離樣品前，先對樣品及在不同培養(yǎng)基生長的樣品進行高通量測序，然后通過生物信息學標準化分析，選擇所需求菌種豐度含量高的樣品，并掌握其營養(yǎng)成分需求及細菌間的相互作用關系繼而增加或減少相應的營養(yǎng)物質(zhì)和細菌發(fā)酵液，從而定向分離獲得所需求的菌種。

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